La méthodologie des études d’association à travers le génome tue une version plus nette du SRAS-CoV-2

La méthodologie des études d’association à travers le génome tue une version plus nette du SRAS-CoV-2

29 août 2021 0 Par Le Caiman

En utilisant une méthodologie d’étude d’association à l’échelle du génome (GWAS) pour analyser les données de séquence du génome entier des mutations du SRAS-CoV-2 et les données de mortalité COVID-19, des variantes hautement pathogènes du virus peuvent être identifiées selon la Harvard TH Chan School of Public Health et les chercheurs du MIT.

En utilisant cette méthodologie biostatologique, les chercheurs ont souligné qu’une mutation dans la variable appelée P.1, ou Gamma, était associée à une mortalité accrue et, éventuellement, à une plus grande transmissibilité, à des taux d’infection plus élevés et à une pathogénicité accrue avant la plantation de la version P.1. reconnu.

C’est la méthodologie de l’équipe décrit en ligne le 23 juin 2021 dans la revue Genide Epidemiology.

 

« Sur la base de notre expérience, la méthodologie GWAS pourrait fournir des outils appropriés qui pourraient être utilisés pour analyser les liens potentiels entre les mutations à des emplacements spécifiques dans les génomes viraux et l’issue de la maladie », a déclaré Christoph Lange, professeur de biostatologie à la Harvard Chan School et auteur principal de ce papier. « Cela pourrait fournir une meilleure détection en temps réel des nouvelles versions endommagées / des nouvelles chansons virales en cas de pandémie. »

Les premiers patients au Brésil ont été documentés avec la version P.1 en janvier 2021 et en quelques semaines ont provoqué un pic de cas avec ce variant à Manaus, au Brésil. La pandémie avait déjà durement frappé la ville en mai 2020, et les chercheurs pensaient que les habitants de la ville avaient atteint l’immunité de la population parce que tant de personnes dans la région avaient développé des anticorps contre le virus au cours de cette vague initiale.

Au lieu de cela, P.1, qui présente des mutations dans la protéine d’épice utilisée par le virus pour envahir et colonisé une cellule hôte, a provoqué une deuxième vague d’infections et semblait avoir une transmissibilité plus élevée et plus susceptible de provoquer la mort que les versions précédentes.

En septembre 2020, plusieurs mois avant que le premier patient P.1 ne soit documenté, une méthodologie de reconstruction de la Harvard Chan School et de l’équipe du MIT fut utilisée dans GWAS, largement utilisée pour lier certaines variantes génétiques à des maladies spécifiques, afin de différencier l’atténuation de la pathogénicité relative.

Mutations SARS-CoV-2.

L’équipe a recherché des liens entre toutes les mutations de l’ARN simple brin du virus SARS-CoV-2 et la mortalité chez 7 548 patients de la COVID-19. Les données de l’étude proviennent de l’initiative de partage de la base de données mondiale sur la grippe aviaire (GISAID), qui contient la séquence génétique et les données cliniques et épidémiologiques associées au SRAS-CoV-2 et aux virus de la grippe.

 

Les chercheurs ont découvert une mutation – à un locus de 25 088 pb dans le génome du virus – qui modifie la protéine de pointe et était liée à une augmentation significative de la mortalité chez les patients COVID-19. L’équipe a ajouté la version à cette mutation, qui a ensuite été identifiée comme faisant partie de P.1.

 

La méthodologie biostatistique de l’équipe devrait avoir des applications plus larges au-delà de la version P.1 et SARS-CoV-2, selon les chercheurs.

« Nous nous attendons à ce que cette approche fonctionne dans des cas similaires où il existe d’autres maladies, à condition que la qualité des données collectées dans les bases de données publiques soit assez élevée« , a déclaré Georg Hahn, chercheur associé et instructeur en biostatologie à la Harvard Chan School et co-auteur de ce paper.

Parmi les autres personnes de la Harvard Chan School qui ont contribué à l’étude figuraient Sanghun Lee, Sharon Lutz, Sébastien Haneuse et Nan Laird.

Cette étude est financé par les National Institutes of Health (1R01AI154470-01, 2U01HG008685, R01HG008976, U01HL089856, U01HL089897, P01HL120839, P01HL132825, 2U01HG008685), la National Science Foundation ES.

« L’analyse de l’association du génome du risque de mortalité COVID-19 dans le génome du SRAS-CoV-2 identifie une mutation dans la protéine d’épice SARS-CoV-2 qui se combine avec P.1 de la souche brésilienne », Georg Hahn, Chloe M. Wu, Sanghun Lee , Julian Hecker, Sharon M. Lutz, Surender Khurana, Lindsey R. Baden, Sébastien Haneuse, Dandi Qiao, Dawn L. DeMeo, Rudolph E. Tanzi, Manish C. Choudhary, Behzad Etemad, Abbas Mohammadi, Elmira Esmaeilzadeh, Michael H. Cho, Jonathan Z. Li, Adrienne G. Randolph, Nan M. Laird, Scott T. Weiss, Edwin K. Silverman, Katharina Ribbeck et Christoph Lange, Genetic Epidemiology, en ligne le 23 juin 2021, doi.org/10.1002/gepi.22421